La chiesa di San Francesco in origine era dedicata a S. Giovanni Battista ed era sede dei Cavalieri dell’ordine Gerosolimitano. Agli inizi del XIV sec. i frati francescani chiesero di avere la chiesa e di costruire il proprio convento.
Convento e chiesa subirono gravi danni nel saccheggio franco-turco del 1553, ma immediatamente ci si adoperò per la riparazione, con l’ampliamento del complesso religioso, ad opera del frate licatese Baldassare Milazzo.
Del 1750 è il prospetto marmoreo eseguito su disegno dell’architetto trapanese Giovan Biagio Amico.
Nella chiesa è presente il culto dell’Immacolata, la cui statua è conservata dentro cappella del ’600 impreziosita da legno intagliato e dorato. Il dipinto che copre la statua viene rimosso solo in occasione della festa.
Il convento con il chiostro fu incamerato tra i beni dello Stato a seguito della soppressione degli ordini religiosi (1866) ed oggi appartiene al Comune che lo ha destinato a edificio scolastico. Dentro un locale è conservato il Fondo Librario Antico, una ricca biblioteca di manoscritti, di libri e di documenti dal ‘400 all’800 provenienti dai vari conventi della città e dall’archivio comunale.
Interessante la cripta della chiesa che si può osservare dentro il chiostro, immersa nell’acqua e dove sono deposte le ossa dei frati.
Il chiostro è spesso utilizzato per diverse manifestazioni, come mostre e spettacoli; mentre durante la Settimana Santa, tra il Mercoledì e Giovedì Santo, assume un carattere sacro con l’esposizione del Cristo alla Colonna che viene venerato da numerosi fedeli al suo interno.